在公司实现过类似的需求，当时是合并三个仓并且要保留对应的 commit 记录。像这样的需求不是很常见，没有找到简单的命令或者脚本来处理，最后是自己写的 python 脚本来实现的。
大致思路如下：
从 B 仓库的 root commit 开始，按照如下过程遍历 B 仓库内的所有 commit：
1. 清空 A 仓内 working directory 中的所有文件（保留.git 文件夹）
2. 将 B 仓 checkout 到当前待处理的 commit
3. 将 B 仓内的文件全部复制到 A 仓，然后 git add
4. 获取 B 仓当前待处理的 commit 的 meta data （ author, author date, committer, commit date ），然后使用这些信息在 A 仓的 B 分支上创建一个 commit

上述过程中，如果你能确保 A 、B 仓的起点具有完全一致的文件状态，那也可以把 1-3 改为 cherry-pick 。
获取 meta data 的过程，如果是 python 的话，建议使用 GitPython 。但是如果要创建 commit ，建议直接使用命令行，GitPython 不擅长这个。
步骤 4 将 meta data 传递给特定的环境变量，然后再运行 git 命令即可获得与原 commit 相同的提交时间、作者信息等的 commit 。但是 commit 的 id 必然会变化。如果原 commit 有签名，签名也是无法保留的（或者用你的私钥来签名？不过不太有必要）