問題問得非常不專業，看來樓主對 Linux 的很多基本概念不瞭解。
1 、对 VPS 的操作全部是在 Terminal 上进行的吧？
沒看樓主貼的鏈接，太長。不理解「全部是在 Terminal 上」這個表述的意思。 Terminal （終端機）是指 Unix 中接受用戶輸入並顯示系統輸出的設備，現在我們接觸到的都虛擬終端。
對你來說，你只要記住通過 SSH 遠程操作的命令才是針對 VPS 的。

2 、看到 Centos 自带了 IPTabels ，所以我不用配置，全部默认状态就可以吗？
需要檢查一下防火墙是否開啟。你新建的 VPS 默認不一定是開啟狀態。

3 、若 IPTabels 保持默认，所以配置 finalspeed 时我也就不用开放 ssh 端口了吧？
需要檢查 SSH 端口是否已經在防火牆設定中開放。如果已經開放才不需要兩次開啟，否則開啟防火牆後你的 SSH 連接會被斷開。

4 、 fail2ban 的 ignoreip 应该怎么填，本地不是动态 IP 吗？
這個 ignoreip 是白名單，個人認為沒必要配置 ignoreip 。既然樓主本地是動態 IP ，就更沒有配置的必要了。


5 、拿到了 SSH Key 私钥禁止 ROOT 登陆后，我在 Terminal 上应该怎样才能登陆 VPS ？
如果禁了 SSH 配置中的 root 帳號登入，你當然就不能遠程使用 root 登入了，只能使用其他帳號登入。所以你需要事先創建好另一個帳號。

6 、在 VPS 上利用 aria2 下载东西，直接登陆 VPS ，用 aria2c 命令行下载文件 A ，我本地也有 aria2 ，拖回来就是用 proxychians4 aria2 http://VPS 的 IP/文件 A 的路径 这样可行吗？
不行，除非你的 VPS 上開放了 HTTP 服務器，並將文件放在了對應的路徑下。

7 、我用 aria2 下载一些文件难免会有盗版内容，怎样才能防止被检测到，被 banned
我的建議是不要在國外的機器上拖 BT ，這在國外有法律風險。一般國外 VPS 廠商的 TOS 中也有寫道。不要試圖去違反規則。
樓主要是拖 BT ， 100%會被發現。

8 、 SS 配置完之后，我拿到了 IP 和密码，我把 IP 和密码共享给好友， 2 人配置好 SS 和 Finalspeed 的桌面端， 2 人可以同时使用 SS 吗？
我不清楚 Finalspeed 是否支持多用戶連接。實在不行就開兩個 Finalspeed 實例。

9 、我所设想的配置，在各方面有什么缺陷或问题吗？
為什麼不用 CentOS7 或者 Ubuntu Server ？